Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Pontianak merupakan unit pelaksana teknis di bawah Kementerian Kesehatan Republik Indonesia yang memiliki tugas pokok melaksanakan upaya pencegahan dan menangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan masyarakat di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat 1 negara.

Struktur organisasi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Pontianak saat ini telah disesuaikan dengan perkembangan hukum dan regulasi yang berlaku, khususnya setelah terbitnya Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 10 Tahun 2023. Peraturan ini menggantikan peraturan sebelumnya, yaitu Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 356/MENKES/PER/IV/2008 dan perubahannya, yang dinilai sudah tidak sesuai dengan dinamika perkembangan kesehatan dan tuntutan pelayanan yang semakin kompleks.

Perubahan struktur organisasi ini telah melalui proses kajian yang mendalam dan mendapatkan persetujuan dari Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi. Tujuan utama dari perubahan ini adalah untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas pelaksanaan tugas dan fungsi Balai, serta untuk menyelaraskan dengan kebijakan pemerintah dalam bidang kesehatan.

Sesuai dengan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 10 Tahun 2023, struktur organisasi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Pontianak terdiri dari:

1. Subbagian Administrasi Umum: Bertanggung jawab dalam penyiapan dan koordinasi penyusunan rencana, program, dan anggaran, pengelolaan keuangan dan barang milik negara, urusan sumber daya manusia, organisasi dan tata laksana, dan hubungan masyarakat, pengelolaan data dan informasi, pemantauan, evaluasi, laporan, kearsipan, persuratan, dan kerumahtanggaan.
2. Kelompok Jabatan Fungsional: Terdiri dari berbagai jenis dan jenjang jabatan fungsional sesuai dengan bidang keahliannya yang bertugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi Balai, seperti pejabat karantina, petugas laboratorium, dan lainnya.

Sebagai salah satu Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I, klasifikasi BKK ditetapkan sesuai Pasal 4 ayat (1) huruf b dalam peraturan ini dan mengacu pada evaluasi kriteria klasifikasi yang diatur oleh peraturan perundang-undangan.